Fysisk træning kan have klinisk effekt ved direkte at påvirke lidelsens udvikling. Det er fx tilfældet ved claudicatio intermittens og iskæmisk hjertesygdom. Den fysiske træning kan være med til at reducere symptomerne ved den grundlæggende sygdom fx ved kronisk obstruktiv lungesygdom.
Fysisk træning kan øge konditionen og muskelstyrken hos patienten, og dermed give patienten flere kræfter til at håndtere sygdomsforløbet, og måske ligefrem bidrage til at øge livskvaliteten under sygdomsforløbet hos patienter, der er svækkede af sygdom.
Der er grænsetilfælde mellem fysisk træning som forebyggelse og egentlig behandling. Det gælder f.eks. hypertension, hyperlipidæmi, overvægt eller metabolisk syndrom, der kan karakteriseres som risikotilstande snarere end lidelser.